Мда, довольно мрачно описана проблема. Не могу точно судить дефект ли это объектива или неправильные настройки. Но вот с чем сталкивался:

1. Когда при покупке объектива на автомате сделал портрет друга - была чумовая резкость. Затем когда хотелось в помещении сделать посветлее кадр - делал диафрагму большую - и резкость "куда-то" пропадала. Но это было когда я ещё был "зелёным". Сейчас понятно, что на большой диафргаме зона резкости крайне мала, особенно на 1.8. Так вот к чему это я... На некоторых полуавтоматических режимах камера выставляет как раз значение близкое к 1.8, особливо когда мало света. Я бы стал переживать если при портретной съемке днем на улице с диафрагмой в 4.5 было замылен портрет. Для точности диагноза вам лушче предъявить сам кадр и его EXIF данные.

2. Как это ни странно с точки зрения новичка, но ISO тоже заметно сказывается на резкость. Поэтому не ждите звенящей резкости на ISO более, чем 400. Точнее сказать, кадр не будет замылен, но глянца не ждите. Особенно, если фото будет больше, чем 10 на 15.

3. Я никогда и не надеялся, что при ручном фокусе должны загораться точки фокусировки. Надо попробовать. Но по логике они и не должны загораться - это же ручной режим. А по поводу его выкидонов... Когда света мало он действительно может уходить в ступор или "проезжать" точки фокуса. То что, на ваш взгляд называется "нормальный свет" не всегда совпадет с мнением камеры - у неё чувствительность куда ниже, чем у вашего глаза.