Еще раз обращу внимание на схему батареи.
Обратите внимание, средний вывод служит только для контроля общего напряжения зарядным устройством относительно плюсового вывода, в обход общего контура зарядного тока.
По такому же принципу строятся термо-датчики, применяемые в производственных установках, станках и т.д., имеющие длинные соединительные линии, где по двум проводам идет ток, а по третьему измеряется падение напряжения на датчике (терморезисторе).
Тоесть раздельный заряд в такой схеме можно реаальзовать только если в батарее установить две (а не одну как здесь) независимые ключевые схемы.