Вы, пожалуйста указывайте версии софта и параметры файлов. А то только гадать приходится....
jpg 8 битный, a tiff, Вы, наверное 16 битный ставите? Вот функции и пропадают. Особенно, если ФШ 7-й.
Насчет цвета - очередная догадка - наверное, конвертируете в aRGB? Если монитор некалиброван, то лучше обрабатывать в sRGB - будет меньше проблем.
Насчет того как лучше хранить - это по вкусу. Лично я С1 пользуюсь для поточной конвертации - обычно для печати - и тогда сохраняю в тифф, потом печатаю из QImage и обычно стираю.
А если надо повозиться с картинкой - то ACR, а он, очевидно, сразу в ФШ загоняет, без промежуточного сохранения.