У программы SilverFast есть модуль, при помощи которого можно сканировать в "сырой" формат подобный raw не заморачиваясь с какой-либо коррекцией, а в последствии уже вытягивать из этого скана то, что нужно (опять же, схожесть с raw-конвертерами). Сам не пользовался, только читал на сайте производителя, может подойдет?