С флешки он льет в вновь создаваемую папку, называя их (если льете с CompactFlash карты) CF-00001, CF-00002, и т.д. Поэтому проблемы совпадений имен папок (файлов) не возникает. Может сливать ВСЁ ПОРЯД (FULL BACKUP) или только фото (PHOTO BACKUP).
Никаких сложностей по коннекту с компом не испытывал, прошивку не менял (писал об этом ранее).